Les scientifiques cherchent à découvrir la provenance de la souche de la variole du singe qui se développe actuellement hors d’Afrique, en réalisant notamment des analyses génétiques.

Les résultats d’analyse de la souche qui a commencé à sévir au Portugal révèlent qu’elle est reliée phylogénétiquement à la souche identifiée et isolée en 2017-2019 à Singapour, en Israël, au Nigéria et au Royaume-Uni. En complément, deux spécialistes de l’évolution des virus de l’université d’Edinburgh en Écosse ont fourni une analyse plus détaillée pour comprendre pourquoi cette souche du virus de la variole du singe se diffuse avec une facilité apparente au sein de l’espèce humaine.

Entre la souche de 2017-2019 et celle de 2022, les scientifiques ont observées 47 mutations au niveau des nucléotides. Ce nombre de mutations s’avère très important car en comparaison avec un autre orthopoxvirus, celui de la variole par exemple, le nombre de mutations se limite à une ou deux par an.

Ces mutations en quantité inhabituelles pourraient être le signe de l’adaptation du virus de la variole de singe à l’espèce humaine même si les études en cours ne donnent pas encore de réponse définitive. La majorité des mutations observées sont la conséquence de l’action d‘une enzyme antivirale, Apobec3, qui agit contre les virus et introduit des mutations dans leur ADN pour les rendre non viable et pour stopper leur réplication.

L’enzyme Apobec3 provoque des désaminations en ciblant surtout les duos de bases TC pour les transformer en TT ou équivalent et les duos GG pour les transformer en AG ou équivalent. Quarante-deux des quarante-sept mutations observées concernent ainsi une transformation en TT et trois une transformation en AG.

L’intervention de l’enzyme Apobec3 comme principale source des mutations du virus de la variole du singe soulève des questions concernant son action éventuelle dans des réservoirs non humains avant de se propager chez les humains car le système antiviral Apobec existe par exemple chez les rongeurs mais il ne laisse pas les mêmes signatures dans le génome des virus sur lesquels il agit.

Concernant l’adaptation du virus sur l’être humain sur plusieurs années, les scientifiques suggèrent que les schémas observés sur le virus de la variole du singe depuis 2017 indiquent une réplication chez l’être humain et que l’héritage des changements intervenus entre 2017 et 2018 puis dans le virus en 2022, signifie qu’il y a eu une transmission interhumaine soutenue depuis au moins 2017.

Des cas de varioles du singe, oiseaux et humains avaient été rapportés en 2017 dans plusieurs pays de l’Afrique centrale et de l’Ouest, notamment en République démocratique du Congo, mais il s’agissait la plupart du temps de transmission entre l’animal et l’homme. Si l’estimations des scientifiques est exacte, la transmission soutenue au sein de l’espèce humaine est passée inaperçue à l’époque. De nouveaux résultats complémentaires pourraient permettre d’expliquer pourquoi il y a autant de cas de transmission de la variole du singe hors Afrique.

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